Em uma dimensão chamada Vestroia, um Bakugan chamado Naga decide tomar Vestroia para si. Naga tenta usa-la para ser o Bakugan mais forte de todos, Roubando o poder do centro do Silêncio e do Infinito, mas acaba desequilibrando os dois centros. Ambas as partes, se forem colocadas de volta onde sempre estiveram, irão restabelecer o equilíbrio e fazer com que todos os Bakugans vivam em paz novamente.

A História se concentra em um grupo de amigos que acham as cartas dos Bakugans caindo do céu. Eles resolveram então criar um grupo, denominado Bakugan Guerreiros da Batalha que consiste em sete crianças: Dan, Shun, Runo, Marucho, Julie, Alice e mais tarde Joe Brown. Juntos tentam descobrir mais sobre a origem dos Bakugans, enquanto ainda tentam destruir Hal-G e Naga, e restaurar o equilíbrio para que haja paz em ambos os mundos.

ACE 

Ace é um dos poucos Vestais que perceberam que os Bakugans são criaturas racionais e possuem emoções. Devido a isso, ele foi chamado para ser um membro da Resistência Bakugan. Sua aparência é de um garoto gracioso mas ele é um tanto sarcastico e bastante independente. Sua personalidade é parecida com a de Dan e oposta a de Shun, o que as vezes gera uma certa tensão entre os três. Apesar de tudo, ele tem um lado sentimental e se preocupa com todos seus companheiros, em especial Mira. Seu Guardião Bakugan é Percival, que posteriormente se torna o novo Guerreiro Lendário Darkus e evoluiu para Midnight Percival.No início, ele era contra a idéia de ter humanos na resistência mas mudou de idéia após presenciar parte da força do Centro Perfeito que estava dentro de Drago. No final da série, ele faz 17 anos e sua voz fica em um tom mais alto.

DAN

Dan é um garoto de 12 anos que adora jogar bakugan e se frustra facilmente. Ele é o líder dos Guerreiros da Batalha e seu maior desejo é se tornar o maior jogador de Bakugan do mundo. Junto de Shun, os dois criaram o jogo Bakugan e todas as suas regras. Dan é um guerreiro Pyrus e tem uma queda por Runo. Seu Guardião Bakugan é Dragonoid, apelidado de Drago. A princípio, os dois não se entendiam pois Dan pensava que tudo era um jogo, e Drago sabia que ambos mundos podiam ser destruidos. Contudo, eles se entendem e se tornam grandes parceiros. Posteriormente, Drago evolui para Delta Dragonoide, Supremo Dragonoide, Infinito Dragonoide e Perfeito Dragonoide.

RUNO

Runo é a guerreira Haos dos guerreiros. Ela mora na mesma cidade de Dan e também é apaixonada por ele, apesar de que muitas vezes, os dois expressam o seu "amor" discutindo um com o outro. Ela também é um tanto invejosa, como pode ser visto quando Julie abraça Dan. Ela trabalha no restaurante de seus pais. Sua Guardiã Bakugan é Tigrerra(pronuncia-se Tigrera), um Bakugan com aparência de um grande trigre branco com uma armadura dourada. Posteriormente, Tigrerra evolui para Blade Tigrer

MARUCHO

Choji, conhecido por todos como Marucho, é o mais novo do grupo, ao mesmo tempo que o mais inteligente. Ele batalha utilizando o atributo Aquos. Sua família é uma das mais ricas de todo o Japão. Ele costumava não opiniar em nada e sempre obedecer ordens, mais ele mudou após conhecer o Bakugan. Seu Guardião é Preyas, um Bakugan aquático que possui a habilidade de mudar de atributo quando quiser. A sua evolução envolve multiplicação, fazendo criar Preyas II, um Bakugan com dupla personalidade, Preyas Angelo de atributo Aquos e Haos, e Preyas Diablo de atributo Aquos e Pyrus

JULE

 a guerreira Subterra do grupo. Julie é uma garota que tenta sempre ficar alegre não importando o quanto ruim estaja a situação. Contudo, muitas vezes esse otimismo esconde seus verdadeiros sentimentos. Ela é a maior fã de Dan, mas gosta mesmo é de deixar Runo com ciúmes. Julie é corajosa e destemida, raramente fugindo de uma batalha. Seu Guardião Bakugan é Gorem, um grande bakugan de pedra em forma de golem. Além de sua extrema força física, ele possui um escudo que abaixa a energia de qualquer coisa que o acerte. Sua evolução é Hammer Gorem.

SHUN

Shun é o melhor amigo de Dan e um dos criadores do jogo Bakugan. Ele é um habilidoso guerreiro Ventus que consegue derrotar mais de um adversário ao mesmo tempo. Ele costumava ser o número 1 no ranking mundial, mas devido a uma doença de sua mãe, ele passou a jogar Bakugan cada vez menos, e parou em 6º lugar. Desde então, ele mora com seu avô e se tornou bastante solitário, apesar de ainda ter suas habilidades. Sua Guardiã Bakugan é Skyress, uma grande fênix verde que ele recebeu de sua mãe no hospital. Devido a isso, Shun trata Skyress com todo amor e carinho que ele possui. Ambos treinam a um estilo ninja. A evolução de Skyress é Storm Skyress.

ALICE

 Alice é uma garota de Moscou e a mais velha dos guerreiros. Ela é orfã de pai e mãe e mora com seu avô Michael. Juntos, eles construiram um teletransportador para Vestróia, mas devido a uma falha no sistema, ele fundiu ambos os mundos, além de infectar Alice e Michael com a energia negativa do Centro do Silêncio. Essa energia negativa criou uma contraparte de Alice, o vilão Mascarado. A princípio, ela não batalhava, mas após a partida de Mascarado, ela passa a batalhar com seu Bakugan, Alpha Hydranoide usando o atributo Darkus.

JOE

Joe é um garoto que aparece no final da primeira parte do anime. Ele passou meses em um hospital por ter pouco açúcar no sangue, mas foi liberado rapidamente desde sua primeira aparição. Joe é o criador e gerenciador do website Bakugan, onde os primeiros a entrarem foram Dan e Shun. Ele batalha usando Haos Bakugans, mas sua Guardiã é Wavern, uma Bakugan branca (sem atributo) que protege o Centro do Infinito e escolheu Joe como seu parceiro